相當多的蛋白質(zhì)行使功能的時候并不是單打獨斗的，蛋白質(zhì)們通過蛋白質(zhì)相互作用形成復合體然后進行工作。因此，研究蛋白質(zhì)的相互作用成為研究蛋白質(zhì)功能和作用機制的最為重要的環(huán)節(jié)之一。

1.酵母雙雜交系統(tǒng)

原理：很多真核生物的位點特異轉(zhuǎn)錄激活因子通常具有兩個可分割開的結(jié)構(gòu)域，即DNA特異結(jié)合域（DNA-binding domain,BD)與轉(zhuǎn)錄激活域（Transcriptional activationdomain, AD）。這兩個結(jié)構(gòu)域各具功能，互不影響，但一個完整的激活特定基因表達的激活因子必須同時含有這兩個結(jié)構(gòu)域，否則無法完成激活功能。

將兩待測研究蛋白（蛋白X與蛋白Y）分別與BD、AD結(jié)構(gòu)域構(gòu)建融合質(zhì)粒。將構(gòu)建好的兩個質(zhì)粒轉(zhuǎn)入同一酵母細胞中表達，如果兩蛋白之間不存在相互作用，則下游基因（報告基因）不會轉(zhuǎn)錄表達；如果兩個蛋白存在相互作用，則BD與AD兩結(jié)構(gòu)域空間上很接近，從而下游基因（報告基因）得到轉(zhuǎn)錄。判斷通過報告基因表達與否，即可判斷兩蛋白之間是否存在相互作用。

用酵母雙雜交系統(tǒng)能夠快速、直接分析已知蛋白之間的相互作用，并能尋找、分離與已知蛋白相互作用的配體，在研究抗原和抗體相互作用、發(fā)現(xiàn)新的蛋白質(zhì)和發(fā)現(xiàn)蛋白質(zhì)的新功能、篩選藥物作用位點及藥物對蛋白互作影響、建立基因組蛋白連鎖圖等方面應用廣泛。

2.免疫共沉淀

免疫共沉淀（Co-Immunoprecipitation，Co-IP）是一種以抗體和抗原之間的專一性作用為基礎的用于研究兩個蛋白相互作用的經(jīng)典方法。

原理：基于抗體與抗原（靶蛋白）之間的特異性結(jié)合，此時如果樣品溶液中存在能與靶蛋白相互作用的目的蛋白，會一同被拉下來，隨后利用SDS-PAGE，Western Blot等方法對得到的目標蛋白進行分析，進而證明兩者間的相互作用。

通俗點來說，假設我們需要研究樣品中A蛋白和B蛋白之間是否存在一些相互作用，首先我們通過合適的方法處理樣本，將蛋白提取出來（同時不能破壞蛋白之間的相互作用），然后用預先結(jié)合了瓊脂糖珠或者磁珠的A蛋白抗體捕獲樣本中的A蛋白，那么與A蛋白結(jié)合的B蛋白也能一起沉淀下來。再將蛋白從珠子上裂解下來，對B蛋白進行檢測，能檢測到，說明B蛋白在之前的沉淀過程中隨著A蛋白一起被拉下來了，進而證明二者之間存在相互關系。

3.免疫熒光共定位

將免疫學方法（抗原抗體特異結(jié)合）與熒光標記技術結(jié)合起來研究特異蛋白抗原在細胞內(nèi)分布的方法。一般用來驗證2種或3種蛋白是否存在共定位關系。

由于熒光素所發(fā)的熒光可在熒光顯微鏡下檢出，從而可對抗原進行細胞定位。兩種不同的蛋白使用不同屬性的不同屬性的不同顏色熒光標記后，通過觀察顏色的變化確定是否有共定位，也可以使用軟件分析。

該技術的主要特點是：特異性強、敏感性高、速度快。主要缺點是：非特異性染色問題尚未解決，結(jié)果判定的客觀性不足，技術程序也還比較復雜。

4.Pull-down實驗

pull-down實驗，又稱拉下實驗，是一種體外親和純化技術。（這個實驗跟免疫共沉淀實驗很像，不同的是免疫共沉淀是在細胞里進行的。）

原理：將一種蛋白質(zhì)固定于某種基質(zhì)上（如Sepharose）,但細胞抽提液經(jīng)過該基質(zhì)時，可與該固定蛋白相互作用的配體蛋白被吸附，而沒有被吸附的“雜質(zhì)"則隨洗脫液流出。被吸附的蛋白可以通過改變洗脫液或洗脫條件而回收下來。

為了更有效地利用pull odwn技術，可以將待純化的蛋白以融合蛋白的形式表達，即將“誘餌"蛋白與一種易于純化的配體蛋白相融合。1988年Smith等利用谷胱甘胎-S-轉(zhuǎn)移酶（GST）融合標簽從細菌中一步純化出GST融合蛋白。

GST Pull-Down實驗：利用DNA重組技術將已知蛋白與GST融合，而融合蛋白通過GST與固化在載體上的GTH（谷胱甘肽）親和結(jié)合。簡單來說，我們假定a蛋白和b蛋白可能存在互作，將純化的融合GST的a蛋白和純化的b蛋白以及能特異性結(jié)合GST的Sephrose 4Bbeads混合在一起孵育一定時間，然后洗去未結(jié)合的蛋白，煮沸beads進行SDS-PAGE電泳。通過Western blot檢測結(jié)果，我們可以看到GST-a蛋白和b蛋白所對應的條帶，即表明了a蛋白和b蛋白因發(fā)生相互作用而被GST-a pull down(GST對照只顯示一個條帶)

pull down技術可用于驗證已知蛋白或胎的相互作用，也可以用來篩選與已知蛋白或肽互作的未知蛋白或肽。但是在一定程度上不能真實反應細胞內(nèi)蛋白質(zhì)之間的相互作用，因為在體外相互作用的蛋白質(zhì)在正常生理條件下不一定會相互結(jié)合。

5.親和純化質(zhì)譜（AP-MS）

AP-MS（Affinity Purification coupled MS）,即親和純化串聯(lián)質(zhì)譜分析。

原理：基于特異性抗體或其他親和試劑與靶標蛋白的親和作用，通過免疫共沉淀（co-Immunoprecipitation）將靶標蛋白與靶標蛋白的相互作用蛋白從復雜的生物體系中純化出來，進而進行質(zhì)譜檢測以鑒定靶標蛋白的相互作用蛋白。

經(jīng)典的AP-MS實驗通常包含以下4個關鍵步驟：1）細胞或組織的裂解；2）蛋白溶液與偶聯(lián)抗體的親和微珠的孵育；3）非特異性結(jié)合和背景蛋白的清洗以及特異性互作蛋白的洗脫；4）互作蛋白的質(zhì)譜檢測和分析。

6、雙分子熒光互補技術

雙分子熒光互補（Bimolecular fluorescence complementation, BiFC），該技術是利用熒光蛋白的特點來研究蛋白的相互作用。

熒光蛋白可從特定的位點被分開，產(chǎn)生兩個非熒光活性片段即N端片段（N-fragment）和C端片段（C-fragment）（VN及VC）。當兩片段分別被融合到相互作用的蛋白上時，會因蛋白的相互作用力而被拉近、發(fā)生互補從而重新構(gòu)建成有活性的熒光蛋白并在激發(fā)光下產(chǎn)生熒光。因此利用熒光顯微鏡就可以直接通過觀察熒光有無來判斷蛋白是否發(fā)生相互作用。

這是在活細胞中觀察蛋白相互作用的很好的方法。

這個方法還是存在假陽性的，細胞里大量表達的分段的黃色熒光蛋白（YFP）可能會不受研究蛋白的結(jié)合與否而自己結(jié)合在一起，所以陰性對照的使用非常重要。

7.NanoBiT 蛋白互補技術