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【DNA序列查詢】NCBI——序列尋找之旅
發(fā)布時間： 2021-08-21 點(diǎn)擊次數(shù)： 8593次Pubmed 也是科研人員常用工具之一，其實(shí) NCBI 的功能不僅僅局限在查文獻(xiàn)上，其他功能由于用的少，只給大家介紹下基因序列的查找，包括全基因組、CCDS、剪接體等等。
① 打開 NCBI 主頁在下拉框里選擇 Gene 選項(xiàng)，輸入基因名稱（p53）
② 搜索結(jié)果會有種屬的區(qū)別，要看清你要的種屬（homo）
③ 結(jié)果頁的右側(cè)是它包含的內(nèi)容，可以直接選擇你要的項(xiàng)，調(diào)到那個位置
④ Genomic regeions，transcripts，and products 這個選項(xiàng)中，是以圖的形式顯示基因序列， 在 tool 中選擇 sequence text view，可以彈出堿基序列
⑤ 在堿基序列中，紅色區(qū)域是外顯子，綠色是內(nèi)含子及基因間序列，鼠標(biāo)在某個區(qū)域停留，就會顯示該區(qū)的信息。紅色框內(nèi)可以自己試試功能，None 可以不顯示蛋白序列，方便拷出序列。Flip strand、go to position 你們都懂得。
⑥ 你如果覺得自己去把外顯子拼起來得到CDNA序列的話，那你就out了，在NCBI Reference Sequences (RefSeq)這個選中，有 NG、NM、NP 這些你熟悉或者不熟悉的縮寫，mRNA and protein(s)這里面，有剪接體的簡介、剪接體之間的不同，有幾個就會報(bào)道幾個，很全。然后，重點(diǎn)是有個CCDS 這個鏈接，點(diǎn)進(jìn)去
⑦ 把網(wǎng)頁往下翻，你就會看到 CCDS Sequence Data，不同的外顯子用不同的顏色區(qū)別，點(diǎn)擊堿基會用高亮顏色與下面的蛋白序列對應(yīng)顯示。如果需要設(shè)計(jì)過表達(dá)、QPCR 引物，預(yù)測蛋白大小，這些就足夠了。
至于其他的選項(xiàng)的功能，小伙伴們自己去發(fā)掘吧，我也跟著學(xué)習(xí)。
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